با قدرت يابي اسلام گرايان افراطي، قيام سوريه هرچه بيشتر تبديل به جنگ مذهبي شد. شعارهاي فرقه اي مانند «مسيحيان به بيروت، علويان داخل قبر» بر تضمين دادن هاي رهبران مخالفان سايه افکند که مدعي هستند تمام سوري ها را بدون توجه به مذهبشان در مقاومت عليه اسد و در دولت احتمالي آينده مشارکت خواهند داد. اقليت هاي مذهبي از ترس اسلام گرايان افراطي، به سوي حکومت کنوني تايل پيدا کردند و اين موضوع به بحث القاعده اي خواندن شورشيان دامن زد.